O crédito presumido de ICMS não integra a base de cálculo do Imposto de Renda de Pessoa Jurídica (IRPJ) e da Contribuição Social sobre o Lucro Líquido (CSLL), bem como do Programa de Integração Social (PIS) e da Contribuição para o Financiamento da Seguridade Social (Cofins). Por essa razão, a Justiça Federal do Maranhão, suspendeu a exigibilidade do IRPJ, da CSLL, da contribuição para o PIS e da Cofins sobre os valores relativos aos créditos presumidos de ICMS, pois a inclusão do referido crédito, na base de cálculo dos referidos tributos, acaba por violar o pacto federativo, ao impor uma limitação na eficácia de benefícios fiscais concedidos pelos estados.